Interacción del INDT con otras entidades gubernamentales y no gubernamentales
El INDT es un organismo deconcentrado del M.S.P.(Ministerio de Salud Pública), unidad ejecutora 004 y un servicio de la UdelaR(Universidad de la República) como una unidad educativa para post-grados en lo referente a transplantes y procuración de donantes.
De acuerdo a lo establecido legalmente el M.S.P. y la UdelaR acuerdan las obligaciones y competencias recíprocas de ambas instituciones de forma de asegurar el normal funcionamiento del Instituto en sus aspectos asistenciales, de investigación y de docencia.